A pesar de los beneficios que nos reportan los murciélagos, estos nunca han tenido buena fama, el miedo a la oscuridad, el aspecto tan distinto y original que la evolución les ha dado, el desconocimiento de su biología, etc., ha contribuido a esto. En muchas culturas encontramos historias como que se enredan en el pelo de la gente, que chupan la sangre a las personas hasta desangrarlas, que causan problemas respiratorios, que dañan las cosechas, que los murciélagos fuman y que blasfeman y maldicen, los que han caído en manos de las chiquillerías de los pueblos les han puestos a fumar (pobre animales,...), creencia muy arraigada en España de que los murciélagos fuman, se dice que se pueden cazar fácilmente lanzando una gorra al aire y el murciélago busca refugio dentro de la gorra quedando atrapado cuando cae al suelo bajo la gorra o boina, y un largo de acusaciones sobre la relación hombre-murciélago no han favorecido para nada a este estupendo aliado del hombre.

Este miedo ha favorecido las supersticiones en la cultura rural de los pueblos de España, y junto al sapo, se les ha clavado en las puertas o a los troncos de los árboles, si un murciélago entra en una casa habitada es señal de mal augurio, o que avisa de la muerte de alguien de la casa, si alguno vuela cerca le advierte de que alguien trama algo malo contra esa persona, si se le clava en un madero con las alas extendidas en forma de cruz y se le da de fumar blasfema con voz humana, si vuelan en grupos numerosos y de noche se interpretaba como presagio de mal tiempo., etc. Hay algunos autores que sostienen la posibilidad de que muchas de estas supersticiones tengan un origen en la Santa Inquisición que relacionaba a los murciélagos con las prácticas de brujería, e incluso hay referencias documentales de alguna quema de brujas por usar a estos mamíferos voladores para la celebración de ritos satánicos. Antes de la época de la Inquisición, los murciélagos parecen tener un origen en los dragones, un gran antepasado que no tenía la fama demoniaca que tuvo posteriormente.

En Baleares, a pesar de que está en el escudo de la ciudad de Palma de Mallorca, el murciélago o rata pinyada es un animal que ha sido mirado con antipatía. Dicen que fue maldito por Dios porque se burlaba de Jesucristo. Hay una leyenda que explica la aparición de este animal a raíz de un desafío entre Dios y el demonio para ver quien sabía hacer mejor las cosas tratando de hacer un pájaro. Dios hizo una golondrina y el demonio hizo un murciélago. De sus ruidos hay la locución o frase hecha "renegar como un murciélago" -renegar com una rata-pinyada-" que se dice de aquellas a las personas que reniegan. En la Part forana -fuera de la ciudad- a menudo era objeto de juegos y travesuras por parte de la juventud, como en otras tantas zonas de España.

En las ciudades de Palma de Mallorca, Valencia y Barcelona encontramos un murciélago o rat-penat coronando los escudos de las ciudades. El origen parece venir del siglo XIII, estas ciudades estuvieron muy unidas históricamente durante la reconquista española contra la dominación musulmana. Hay varias leyendas, la más oída trata de la época de Jaime I el Conquistador (1208-1276), rey de Aragón (Cataluña pertenecía a este reino de Aragón). Según la tradición, un murciélago se poso sobre el casco o celada del rey Jaime I durante la reconquista de Valencia, y según las ideas dominantes de aquellos tiempos, este hecho se quiso interpretar como un aviso al rey para que vigilara, desde entonces, fue escogido como símbolo y en 1503 el murciélago se empezó a usar en el escudo de Valencia y se creó también una bandera real en recuerdo de aquel murciélago que se posó en la Celada de Don Jaime I. Otra versión dice que una flecha lanzada contra el monarca en plena batalla dio contra un murciélago que volaba cerca de el y que le salvo la vida, y otra es que un murciélago se posó en la tienda de Jaime I durante la reconquista.